เรื่องราวซึ่งเริ่มต้นขึ้นในวันเกิดปีที่ 11 ของ แฮรี่ พ็อตเตอร์ เมื่อเขาได้รับจดหมายลึกลับที่ถูกส่งโดยนกฮูกตัวหนึ่ง ที่เชิญแฮรี่ พ็อตเตอร์ ไปเรียนในโรงเรียนเวทมนตร์ ฮ็อกวอตส์ ระหว่างเดินด้วยรถไฟ ไปพร้อมกับพวกเด็กนักเรียนปีหนึ่ง แฮร์รี่ได้ทำความรู้จักกับเพื่อนอย่าง เฮร์ไมโอนี เกร็นเจอร์ และ รอน วีสลีย์ แฮร์รี่และบรรดาเพื่อนใหม่ของเขา ร่วมการผจญภัยปกป้องศิลาอาถรรพ์เพื่อต่อต้านการคืนชีพของลอร์ดโวลเดอมอร์ พ่อมดผู้ชั่วร้ายที่สุดและเขาคือคนฆ่าพ่อแม่แฮร์รี่นั่นเอง

วันปิดภาคฤดูร้อนที่ไม่สนุกนัก เขาไม่เพียงแต่ต้องทนอยู่กับป้าเพ็ตทูเนียจอมเผด็จการ และ ลุงเวอร์นอน เดอร์สลีย์ ที่หวาดกลัวต่อเวทมนตร์วิเศษของเขา แต่ดูราวกับว่าเพื่อนสนิททั้งสองก็ลืมเขาเสียสนิท และแล้ววันหนึ่ง ก็มีด๊อบบี้ เอลฟ์ประจำบ้านมาปรากฎกายอย่างลึกลับ เพื่อเตือนเขาถึงอันตรายครั้งใหญ่ที่จะเกิดขึ้น หากว่าแฮร์รี่จะพยายามกลับไปที่โรงเรียนพ่อมดแม่มดและเวทมนตร์ศาสตร์ฮอกวอตส์ ด๊อบบี้พยายามปกป้องแฮร์รี่มิให้กลับไปยังฮอกวอตส์ โดยเขาได้กักเก็บจดหมายทุกฉบับที่เขียนมาหาแฮร์รี่ ขวางกั้นไม่ให้ขึ้นรถไฟได้ทัน แต่แฮรี่กับเพื่อนก็แก้สถานการณ์มาได้ เมื่อมาถึงฮอกวอตส์ แฮรี่ก็เจอเหตุการณ์ที่ทำเอาเขาเกือบเอาชีวิตไม่รอดจากการถูกบงการโดยสมุดบันทึกของ ทอม ริดเดิ้ล หรือ ลอร์ดโวลเดอมอร์นั้นเอง และต้องสู้กับเจ้างูยักษ์บาซิลิสจนสามารถเอาชนะมาได้

แฮร์รี่ พ็อตเตอร์ ต้องใช้เวลาช่วงปิดภาคฤดูร้อนอย่างไม่เต็มใจอีกครั้งกับครอบครัวเดอร์สลีย์ ในที่สุดเค้าก็สุดจะทนจนต้องใช้เวทมนตร์กับ ป้ามาร์จ พี่สาวของลุงเวอร์นอน หลบหนีไปสู่ยามรัตติกาล โดยรถเมล์อัศวินราตรี พาหนะมหัศจรรย์ ที่โฉบตัวเขาเพื่อพาไปส่งไว้ที่ร้านหม้อใหญ่รั่ว ที่นั่น แฮร์รี่ ได้พบกับรัฐมนตรีแห่งกระทรวงเวทย์มนตร์ คอร์นีเลียส ฟัดจ์ และได้ทราบข่าว ซีเรียส แบล็ก พ่อมดอันตรายและลึกลับ ได้หลบหนีจากคุกแห่งอัซคาบัน และในตอนนี้เขาตั้งใจจะมาฆ่าแฮร์รี่ ด้วย ขณะเดียวกัน ฮ็อกวอตส์ต้องต้อนรับบรรดาผู้คุมวิญญาณที่น่าสะพรึงกลัวผู้ดูแลจากอัซคาบัน ซึ่งพยายามจะปกป้องแฮร์รี่และโรงเรียนจากแบล็กและเขารู้จักวิธีใช้คาถาผู้พิทักษ์ เพื่อปกป้องตัวเองจากอำนาจของผู้คุมวิญญาณที่น่ากลัว ในที่สุดเค้าก็ได้รู้ความจริงเกี่ยวกับการตายของพ่อและแม่ของเขา

ระหว่างกำลังชมการแข่งขันควิดดิชเวิลด์คัพได้เหตุการณ์วุ่นวายและปรากฏ ตรามาร สัญลักษณ์ของลอร์ดโวลเดอมอร์ ขึ้นเหนือท้องฟ้า ซึ่งถูกเสกขึ้นมาโดยผู้เสพความตาย เป็นเหตุถึงลางร้าย ในขณะเดียวกัน ดัมเบิลดอร์ ประกาศว่า ฮ็อกวอตส์จะเป็นเจ้าภาพการประลองเวทไตรภาคี การแข่งขันด้านเวทมนตร์ของพวกพ่อมดแม่มดจากโรงเรียนต่างๆ อันมีเป้าหมายในการครองถ้วยรางวัลไตรภาคี การคัดเลือกนักเรียนเพื่อเข้าแข่งขันจึงบังเกิดขึ้น และแล้ว ถ้วยอัคนีได้ขานนาม วิคเตอร์ ครัม นักกีฬาควิดดิชชื่อดังจากเดิร์มสแตรงก์ ตามมาด้วย เฟลอร์ เดอลากูร์ ผู้งามสง่าจากโบซ์บาตง และ เซดริก เกรกอรี่ หนุ่มเนื้อหอมผู้สามารถแห่งฮ็อกวอตส์ แต่แล้วถ้วยอัคนีก็ส่งชื่อสุดท้ายออกมานั่นก็คือ แฮร์รี่ พ็อตเตอร์ ทั้งๆที่เขาอายุยังไม่ถึงเกณฑ์ที่จะลงแข่งได้ แต่การตัดสินใจของถ้วยอัคนีนั้นถือเป็นข้อผูกพัน และเขาต้องเข้าร่วมแข่งขันด้วย และด้วยการแข่งนี้เองเขาได้เผชิญหน้ากับลอร์ดโวลเดอมอร์ อีกครั้ง

หลังจากเหตุการณ์เผชิญหน้ากับจอมมารโวลเดอมอร์ แฮร์รี่ ยังไม่ได้ยินข่าวจากใครสักคน แถมยังมีจดหมายส่งมาแจ้งว่า เขากำลังจะถูกไล่ออกจากฮอกวอตส์เนื่องจากใช้ละเมิดกฎการใช้เวทมนตร์นอกโรงเรียนและต่อหน้ามักเกิ้ลอีกต่างหาก แฮร์รี่ ก็คือแก้ข้อกล่าวหาจนถึงที่สุดต่อหน้าศาล อัลบัส ดัมเบิลดอร์ อาจารย์ใหญ่ผู้น่าเคารพที่ช่วยให้เขาได้กลับมายังฮ็อกวอตส์อีกครั้ง เมื่อกลับมาแฮรี่ได้ก่อตั้ง กองทัพดัมเบิลดอร์ รวมถึงฝึกสอนวิธีการป้องกันตัวเองจากศาสตร์มืด เพื่อเป็นการเตรียมให้พ่อมดแม่มดรุ่นเยาว์ต่อสู้กับสิ่งชั่วร้ายซึ่งรออยู่เบื้องหน้า ซึ่งได้เข้าต่อสู้กับผู้เสพความตายเพื่อปกป้อง ลูกแก้วแห่งคำทำนายจากมือของลอร์ดโวลเดอมอร์ จนในที่สุดแฮรี่ได้สูญเสียพ่อทูลหัวของเขาคือ ซีเรียส แบล็ก ในการต่อสู้ครั้งนี้และพวกเขาก็รอดพ้นมาได้

ลอร์ด โวลเดอมอร์ แข็งแกร่งขึ้นกว่าที่เคยเป็น ทำให้เหล่าผู้เสพความตายสร้างความโกลาหลทั้งในโลกของมักเกิ้ลและโลกแห่งเวทมนตร์ ดัมเบิลดอร์ ต้องการให้แฮรี่เตรียมรับมือกับศึกครั้งสุดท้ายที่กำลังคืบคลานเข้ามาอย่างรวดเร็ว เขาต้องให้แฮร์รี่ ช่วยหากุญแจสำคัญหรือ ฮอร์ครักซ์ ที่จะเผยการป้องกันตัวของ โวลเดอมอร์ ข้อมูลสำคัญที่มีคนรู้แค่เพียงอดีตอาจารย์วิชาปรุงยา ศาสตราจารย์ฮอเรซ ซลักฮอร์น ด้วยความตั้งใจนี้ ดัมเบิลดอร์ จึงจัดให้อดีตเพื่อนร่วมงานของเขากลับมารับตำแหน่งเดิม ซึ่งเป็นเหตุทำให้แฮรี่ได้ล้วงความลับสำคัญของโวลเดอมอร์ จากศาสตราจารย์ฮอเรซ ซลักฮอร์น เมื่อรู้ความลับแฮรี่และดัมเบิลดอร์ได้ออกตามหาและทำลายฮอร์ครักซ์ เมื่อกลับมาได้พบว่าผู้เสพความตายได้เข้าสู่โรงเรียนฮ็อกวอตส์เรียบร้อยแล้วโดยเงื้อมมือของ เดรโก มัยฟอยด์ คู่อริของแฮรี่นั่นเอง จนทำให้ดัมเบิลดอร์ได้เสียชีวิตแต่ภาระกิจของแฮรี่ยังดำเนินต่อไป